水环境评价分析系统主要实现水环境数据的维护，水质评价统计以及水环境分析等功能。
在信息维护子系统中，能够实现对各类信息的录入、修改、删除等功能，并且通过用户权限管理保证数据的安全和统一。 信息维护的内容 大致可分为以下三类：污染源信息、水体质量信息及与水环境有关的自然地理、社会经济概况。主要 包括测站信息、监测断面信息、水质信息、水质标准、污染源、区域经济信息和系统用户信息等。
通过空间—属性数据的双向交互，对基础数据和成果数据进行查询，以表格、图形、文字的形式反映查询结果。
水环境评价包括水质评价和污染源评价， 通过不同时段、不同参数的水质评价，可以指出水体的污染程度、主要污染物质、污染时段、位置及发展趋势。 按照专业规定，把调查和监测资料汇集成为各种报表，如监测断面表、水质成果表、水质特征值统计表，底质成果表等，也是水质统计工作的重要内容。通过这些统计结果，可以反映区域水体的总体污染程度、污染最严重时的情况。
水环境分析子系统主要通过水质数学模型、排污削减量规划模型等水环境模型的运用，为了解预设条件下的水质状况，为制定总量控制目标提供一个程序化的技术手段。这种模型运用方法又不同于传统的水环境模拟方法，其最大的特点是集成化以及模型数据处理的系统化。
基于 Web 的信息维护子系统
图形表格形式的信息查询子系统
基于 GIS 的信息统计子系统
基于 GIS 的水环境分析子系统
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